Το Εθνικό Μουσείο του Ρίο ντε Τζανέιρο υπήρξε το αρχαιότερο επιστημονικό ίδρυμα της Βραζιλίας και ένα από τα μεγαλύτερα μουσεία φυσικής ιστορίας και ανθρωπολογίας σε Βόρεια και Νότια Αμερική.
Ιδρύθηκε στις 6 Ιουνίου του 1818 από τον βασιλιά Ιωάννη ΣΤ΄ υπό τον τίτλο “Βασιλικό Μουσείο” και εγκαταστάθηκε αρχικά στο πάρκο Campo de Santana, όπου εξέθετε συλλογές που είχαν ενσωματωθεί από τον Οίκο Φυσικής Ιστορίας, γνωστό και ως Casa dos Pássaros (“Σπίτι των Πουλιών”), που είχε δημιουργηθεί το 1784, καθώς και συλλογές ορυκτολογίας και ζωολογίας. Ήδη από τον 19ο αιώνα είχε καθιερωθεί ως το πιο σημαντικό μουσείο του τύπου του στη Νότια Αμερική. Το 1946 ενσωματώθηκε στο Ομοσπονδιακό Πανεπιστήμιο του Ρίο ντε Τζανέιρο.
Το Εθνικό Μουσείο διέθετε μια τεράστια συλλογή με πάνω από 20 εκατομμύρια αντικείμενα, ενώ η συλλογή του υποδιαιρείτο σε επτά βασικούς πυρήνες: γεωλογία, παλαιοντολογία, βοτανική, ζωολογία, βιολογική ανθρωπολογία, αρχαιολογία και εθνολογία. Το μουσείο είχε επίσης μία από τις μεγαλύτερες επιστημονικές βιβλιοθήκες της Βραζιλίας, με πάνω από 470.000 τόμους και 2.400 σπάνια έργα.
Το παλάτι που φιλοξενεί το μουσείο καταστράφηκε από πυρκαγιά που ξεκίνησε κατά τη διάρκεια της νύχτας στις 2 Σεπτεμβρίου 2018.