Γεννήθηκε στην Αθήνα στις 15 Δεκεμβρίου 1926, αλλά οι γονείς του, από ατελείωτες γενιές Κρητικοί, δεν ανέχονταν να πολιτογραφηθεί σαν Αθηναίος.
Τον μετέφεραν στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου της Κρήτης στις 15 Δεκεμβρίου του 1926.
Ήταν γιος του δικηγόρου και πολιτικού Ιωσήφ Κούνδουρου.
Σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας, στον τομέα της γλυπτικής και της ζωγραφικής, από την οποία και αποφοίτησε το 1948.
Στην
περίοδο της Κατοχής εντάσσεται στην ΕΠΟΝ Σπουδαστών και στο ΕΑΜ
Καλλιτεχνών.
Με τον εμφύλιο μέσα σε κλίμα τρομοκρατίας και διώξεων
καταφέρνει να αποφοιτήσει το 1948.
Αργότερα συλλαμβάνεται απο τις αρχές
λόγω των πολιτικών του πεποιθήσεων και στέλνεται στην Μακρόνησο, όπου
ξεκινά για αυτόν νέος κύκλος δεινών και βασανιστηρίων.
Στα 28 του χρόνια αποφάσισε να ασχοληθεί με τον κινηματογράφο.
Ξεκίνησε ως σκηνοθέτης με τη Μαγική Πόλη (1954), όπου συνδύασε τις επιρροές του από το νεορεαλισμό με την εικαστική του ματιά.
Με το σύνθετο και πρωτοποριακό έργο Ο Δράκος (1956), ο Νίκος Κούνδουρος καθιερώνεται.
Ακολούθησαν “Οι παράνομοι” (1958), «Το ποτάμι» (1959), «Μικρές Αφροδίτες» (1963), «Το πρόσωπο της Μέδουσας» (1967), «Τα τραγούδια της φωτιάς» (1974), «1922» (1978) κ.ά.
